Para tomar referencias se usa la parte más baja del cilindro, donde el pistón sufre menos o ningún desgaste, esa es la parte que se usa como patrón calibrado.

No obstante, si hace un rayado de paredes (honing) y montas aros nuevos, posiblemente esos aros induzcan un desgaste a las paredes del cilindro que más adelante van a repercutir en un gasto de aceite excesivo. Es como hacer un mandrinado a posteriori...

Yo no me complicaba y si iba bien y no hay planes de upgrade de pistones etc, como mucho mucho, hacer lo que hice yo, una de semicojinetes de biela en caso necesario y a correr. Y si no, ni eso. Tal cual. Si ya iba bien, mejor no complicarse más de lo estrictamente necesario.