Después de leerme todo voy a intentar ayudarte. Cuando abrí el brico creo que especifiqué que solo quería instalar el cierre por mando, es decir, la alarma no me interesaba para nada por tanto voy a intentar explicarte que chanchullos hice yo.
Si es el mismo modelo de alarma, como bien te han copiado la solución, para evitar el auto-armado de la alarma (entre otras funciones que se cierre el coche de forma automática) necesitas desprogramarlo y en las instrucciones viene la solución "Con el cable ACC conectado, pulse durante dos segundos el botón cerrar del mando y oirá dos pitidos seguidos... etc". Con esto lo que pasa es: cuando cierras, la alarma se activa, todas las funciones están operativas; cuando abres la alarma se desactiva y las funciones dejan de estar operativas. El cable ACC se ha de conectar a un positivo bajo contacto, es decir, la luz de la consola central, el mechero, luces el cuadro, etc (te doy ideas); de esta manera consigues que el coche no se cierre automáticamente pero que cuando cierres se te activen todos los sistemas.
¿Por qué yo lo conecté al positivo directo? -> Al ir a echar gasolina un día, me bajé del coche saque la llave (quitar el contacto), eché gasolina y eh voilá! se cerró y por tanto tuve que dar a abrir y cerrar para poder cerrar la tapa del depósito. Como explico en el post, era lo que quería evitar, no quería que la centralita tomara decisiones por mí. Si se conecta ese cable al directo "positivo todo el rato" (rojo), cuando tu quites el contacto, la centralita de mandos irá a comprobar ese cable, al tener tensión cree que el contacto está dado y no cierra automáticamente; para mi fin está solucionado el problema.
Conclusión: si quieres mantener la alarma, tienes que conectar el cable a un positivo bajo contacto con los ejemplos que te he citado anteriormente, por ejemplo; si solo quieres el cierre, como lo instalé yo.
Punto siguiente, el tema de las ventanillas. Si es el modelo igual, no figura que tenga salida de ventanillas; por tanto tendrás que empalmar los cables de cierre con los cables de las ventanillas (ni idea, no me lo he planteado), podrías utilizar la función de apertura del maletero para las ventanillas, así únicamente si dejas pulsado un rato se cerrarían, sino no; otra cosa a tener en cuenta es que debes tener instalado bien de serie o a posteriori un módulo de confort de ventanillas (se llama así), de la misma marca de la alarma también lo tienes por unos 20 €.
Espero haber podido ayudarte, un saludo.