Franky, la junta de la culata tiene como funcion principal el "amoldar" y sellar la unión entre culata y bloque. Además, tiene como segunda funcion el separar los conductos del agua y del aceite. Por lo que comentas, el tio le cambió la junta hace poco tiempo, eso se debe a que quemó la junta anterior por un calenton en el motor. Por lo tanto desde mi punto de vista solo hay dos posibilidades que expliquen esas burbujas, las cuales no son buena señal, ya que demuestran que existe aire en el circuito (cosa muuuuuuuuuuu mala):

1º Burbujas provocadas por ebullicion.....el agua se pone a más de 100 grados, quiza porque el termostato este mal y no abra en el momento oprtuno. Esto puede explicar porque el dueño del calibra ha tenido que cambiar la junta hace poco (calenton).
2º La culata de ese coche esta jodida, ya que las burbujas pueden ser tambien producidas por diferencias de presion dentro de la propia culata. La culata con el posible calenton que tvuo quedo deformada.

Que quede claro que lo del calenton es un supuesto, pero te lo digo porque la junta de la culata puede durar perfectamente toda la vida del motor.