Yo creo que notarías más el cambiarle la caja que el tocar el motor. Tu C20NE llevará la caja larga, mientras que los 20SEH llevan la caja corta, F16.

De cualquier modo, si quieres más potencia, yo no haría ni lo uno ni lo otro. Lo suyo es ir tirando con el C20NE y la caja de serie una temporada (te aseguro que no anda poco) mientras vas arreglando todo lo demás, y cuando tengas conocimientos para hacerlo tú o pasta para que te lo hagan, montar un 16v (20XE o C20XE), que supone una mejora mucho más notable.

Es mi opinión. Saludos.