Hola, en primer lugar, olvidate de cortar la chapa, esa chapa no esta ahi por casualidad, le da rigidez a la carroceria asi que yo que tu ni la tocaba, ni si quiera para hacer mas grande el agujero de serie de 6.5" para poner unos 6x9", si quieres meter unos 6x9" puedes hacer unas maderas que hagan de adaptador, te haces una con agujero 6x9" y otra con agujero 6.5", las atornillas, y los 6x9" los atornillas a la madera con agujero 6x9" (que quedaria debajo) y la madera con agujero de 6.5" a la chapa del coche. No se si me he explicado...

En cuanto al sub, lo mejor seria un cajoncito para el (a no ser que compres un free air, pero con esta bandeja.. mal fario), pero.... esta la jodia bandeja que no deja pasar el sonido al habitaculo, para estos casos se suele hacer un cajon paso banda y los puertos se sacan por los agujeros de serie de la bandeja, o por el reposabrazos del respaldo... etc... es lo que yo he visto, el problema es que el diseño de estos cajones es un pelo complicado.

Quizas seria cuestion de probar a meter el cajon en el maletero y sin altavoces detras (para que el sonido pase a traves de los agujeros de serie), ver como llega el sonido al habitaculo... si llega decentemente, te gastas la pasta de los 6x9 en unas vias separadas para delante y listo.

Saludos