Estoy con ALVARO, primero provaria a cambiar la valvulina, lo cual mejora el "rendimiento" de la caja de cambios de forma significativa.
Cuando cambias a 6000 se supone que le vas dando cera al coche y por lo tanto el tiempo que empleas en el cambio de marcha es menor a cuando cambias a 3000, y las cajas de cambios digamos que necesitan una igualacion de velocidad entre ejes para el correcto funcionamiento de los selectores. Tambien puede ser que se te haya desajustado lijeramente el varillaje o haya llevado algun golpe y tengas una varilla levemente doblada.....