Pilla un alexómetro y comprueba esos cilindros, si en 4000km no han asentado los segmentos, o eran muy duros, o la tolerancia cilindro-pistón es excesiva. Tienes fotos del motor desarmado? Has limpiado alguna pieza?

Una pena que hayas tenido que coger otro motor, la parte positiva es que lo podrás usar más tranquilo, pero me da la sensación que el motor va a tardar mucho en volver a ser armado.

Saludos.