hazte con un antivirus bueno y o que te haga un escaneo antes de iniciar windows(desde msdos) o que te deje escanear el PC aun estando infectado.... que seguro que te encuentra algo

y posteriormente, mete el cd del windows, dale a instalar y luego en vez de "instalar una copia nueva" dale a reparar y a ver si asi...

saludos

p.d. un proyecto de fin de carrera me parece lo suficientemente importante como para que le vayas haciendo copias de seguridad... te la juegas mucho... porque imaginate que en vez de esto se te estropea el disco duro y no hay tu tia de sacar nada de lo que hubiese dentro...