Yo apuesto por la caja de cambios. Si al pisar el embrague el ruido se va quiere decir que cuando se deja de mover el primario el ruido para. Si fuera el collarin/rodamiento de apriete sonaria al pisar el embrague, que es cuando trabaja.
Yo miraria toda la piñoneria de la caja de cambios...

Saludos!