Por una razon:

El aire contiene particulas de silice, que son filtradas por el filtro de aire. Si haces agujeros a la caja del filtro entrara aire no filtrado, y estas particulas no filtradas mezcladas con el aceite forman una pasta de esmeril que te lijara las paredes del cilindro... muy poco recomendable a menos que le tengas poca estima a tu motor :-)!

Ademas, supongo que si le haces agujeros es para ir con ellos a todas partes, no es como decir en un momento puntual "hoy voy a cuadalimetro abierto!" que puede ser perjudicial, pero es un momento puntual. No es bueno que pueda entrar aire directamente de la atmosfera sin filtrar. A la larga, puede haber problemas caros, muuuy caros.

Saludos!!!