El problema viene de que esa pieza de autodoc no es 100% igual en las conexiones eléctricas.
No se apaga porque le estás dando corriente al solenoide de la bomba de gasoil. Al apagar con la llave debía cortar la corriente al solenoide y cortar el gasoil, apagando el coche.
Yo me tiraba a un desguace y cogía otro clausor de arranque de corsa.
La otra opción si continuas con el contactor antiguo es comprobar las salidas del viejo y corroborar con las del nuevo. en caso de haberlo tirado, podrías verlo en los esquemas eléctricos.